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                  NVIDIA携手阿斯利康和佛罗里达大学健康学院实现AI药物探索突破

                  2021年04月15日 09:15 ? 次阅读

                  NVIDIAClaraDiscovery旨在为研究人员提供所需工具,以加速药物发现

                  NVIDIA携手生物制药公司阿斯利康(AstraZeneca)和佛罗里达大学的学术健康中心和佛罗里达大学健康学院,利用突破性的Transformer神经网络开展新的AI研究项目。

                  近些年来新提出的基于Transformer的神经网络架构,让研究人员可以利用自监督训练方法使用批量数据集进行预训练,无需手动标注数据。这些模型可以像学习语言语法一样,学习句法规则来描述化学,并应用于跨研究领域和模式。

                  NVIDIA正与阿斯利康合作开发一种基于Transformer的生成式AI模型,用于药物研发的化学结构生成,这将是首个在Cambridge-1上运行的项目,并且Cambridge-1将会成为英国最强大的超级计算机。这种模型会开源,在NVIDIANGC软件目录中供研究人员和开发者使用,并且可部署在NVIDIAClaraDiscovery计算药物研发平台上。

                  另外,佛罗里达大学健康学院正在利用NVIDIA最新的Megatron框架和NGC上的BioMegatron预训练模型来开发GatorTron,这是迄今为止最大的临床语言模型。

                  新NGC应用程序包括AtacWorks,一种深度学习模型,用于识别可获取的DNA区域;以及MELD,一种从稀疏、模糊或噪声数据中推断生物分子结构的工具。

                  用于分子分析的Megatron模型

                  由NVIDIA和阿斯利康开发的药物研发模型MegaMolBART计划用于反应预测、分子优化和分子生成。此模型基于阿斯利康的MolBARTTransformer模型,并在ZINC化合物数据库上进行训练——利用NVIDIA的Megatron框架在超算基础设施上进行大规模扩展训练。

                  大型ZINC数据库允许研究人员预训练模型来理解化学结构,无需手动标记数据。凭借对化学的统计理解,该模型将用于完成一系列下游任务,包括预测化学物质之间的相互作用,以及生成新的分子结构。

                  阿斯利康分子AI、发现科学和研发部门主管OlaEngkvist表示:“正如AI语言模型可以学习句子中词语之间的关系一样,我们的目标是通过分子结构数据训练的神经网络将能够学习现实世界分子中原子之间的关系。开发完成后,NLP模型将成为开源模型,为科学界提供一个加速药物研发的强大工具。”

                  该模型使用NVIDIADGXSuperPOD训练,帮研究人员发现数据库中不存在但可能是潜在候选药物的分子。称为in-silico技术的计算方法,让药物开发人员在进行昂贵且耗时的实验室测试前,可以在广阔的化学空间中搜索更多内容并优化药理特性。

                  此次合作将使用由NVIDIADGXA100赋能的Cambridge-1和Selene超级计算机大规模地运行大型工作负载。Cambridge-1是英国最大的超级计算机,在Green500位列第三,在全球性能最强大的系统TOP500榜单中排名第29位。NVIDIA的Selene超级计算机排在最新的Green500榜首,位列TOP500第五。

                  语言模型加速医疗创新

                  佛罗里达大学健康学院的GatorTron模型使用200万名患者的超过5,000万次互动记录进行训练,这是一个突破,可以帮助确定需要进行临床试验的患者,预测并向健康团队提醒危及生命的情况,并为医生提供临床决策支持。

                  佛罗里达大学教务长JosephGlover表示:“GatorTron利用十多年的电子病历来开发最先进的模型。该校最近使用NVIDIADGXSuperPOD提升了超级计算设施。这种规模的工具能帮助医疗健康研究人员获取见解,并根据临床笔记记录判断先前无法获取的医疗趋势。”

                  除临床医学外,该模型还可以快速创建患者群组进行临床试验,以及研究特定药物、治疗或疫苗的效果,来加速药物研发。

                  该模型利用BioMegatron(有史以来训练规模最大的生物医学Transformer模型)构建,BioMegatron是NVIDIA应用深度学习研究团队使用PubMed语料库数据开发的。BioMegatron可以从NGC上的ClaraNLP获取(ClaraNLP是用生物医学和临床文本进行预训练的NVIDIAClaraDiscovery模型集合)。

                  佛罗里达大学健康事务部副主席兼佛罗里达健康学院主席DavidR.Nelson博士表示:“GatorTron项目是一个学术界和业界专家使用前沿人工智能和世界一流计算资源进行协作的杰出范例。我们与NVIDIA的合作,对于佛罗里达大学成为人工智能专业知识和开发中心至关重要。”

                  为药物研发平台赋能

                  计算药物研发平台也采用了NVIDIAClaraDiscovery库和NVIDIADGX系统,从而推动药物研究。

                  ·Schr?dinger化学模拟软件开发领导者,今天宣布与NVIDIA建立战略合作伙伴关系,包括科学计算和机器学习研究、NVIDIA平台上的Schr?dinger应用程序优化,以及围绕NVIDIADGXSuperPOD的联合解决方案,在数分钟内评估数十亿种潜在药物化合物。

                  ·生物技术公司Recursion已安装了BioHive-1,这是一款基于NVIDIADGXSuperPOD参考架构的超级计算机,截至1月,该超级计算机在全球顶尖计算机系统TOP500榜单中排名第58位。BioHive-1让Recursion能够在一天内运行深度学习项目,而之前使用他们已有的集群完成该项目需要一周时间。

                  ·InsilicoMedicine是NVIDIAIncepTIon初创加速计划的合作伙伴,近日宣布发现了一种用于治疗特发性肺纤维化的新临床前候选药物——这是首个针对新疾病靶标进行AI分子设计,并用于临床试验的示例。由NVIDIATensorCoreGPU驱动的系统生成化合物,从目标假设到临床前候选人选择,仅用时不足18个月,花费不到200万美元。

                  ·作为NVIDIAIncepTIon初创加速计划的一员,VyasaAnalyTIcs使用ClaraNLP和NVIDIADGX系统,让用户获得用于生物医学研究的预训练模型。该公司GPU加速的VyasaLayarDataFabric为多机构癌症研究、临床试验分析和生物医学数据协调解决方案提供动力支持。

                  欢迎免费注册观看NVIDIA创始人兼首席执行官黄仁勋的主题演讲。参加本周的GTC详细了解NVIDIA在医疗健康行业方面的进展,医疗健康分论坛包括16场在线研讨会、18场特别活动以及100多场演讲。

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                  近几年在国内AI芯片企业赛道涌出很多创业公司,有不少创业公司的创始人及核心技术都和AMD有着千丝万缕....
                  发表于 2021-04-08 17:13? 1727次阅读
                  有哪些国内AI芯片企业与AMD有着千丝万缕的关系...

                  华为云专属月深圳首发将覆盖全球多个城市!

                  2021年4月8日,华为云TechWave全球技术峰会在深圳举行,华为云与计算全球Marketing....
                  发表于 2021-04-08 16:05? 261次阅读
                  华为云专属月深圳首发将覆盖全球多个城市!

                  自动驾驶行业已经进入“下半场”

                  彭军认为,与互联网一招致胜的竞争模式不同,自动驾驶不能有明显的短板,涵盖技术、人才、企业文化、合作伙....
                  发表于 2021-04-08 15:27? 333次阅读
                  自动驾驶行业已经进入“下半场”

                  AI对制造业的6大应用趋势

                  在制造中,生产线中的缺陷检测过程变得越来越智能。深度神经网络集成使计算机系统可以识别诸如刮擦,裂纹,....
                  发表于 2021-04-08 15:22? 319次阅读
                  AI对制造业的6大应用趋势

                  近日中国AI领域发生了什么大事?

                  这个三月,中国AI领域发生了什么大事? 第一件,就是十四五规划《纲要》的出台。在这份纲要中,“科技自....
                  发表于 2021-04-08 14:44? 418次阅读
                  近日中国AI领域发生了什么大事?

                  如何采用神经网络技术,对镍铬-镍硅热电偶进行了非线性校正?

                  请问如何采用基于虚拟仪器编程语言CVI编成的BP神经网络训练仪对K型镍铬-镍硅热电偶的非线性进行校正? ...
                  发表于 2021-04-08 06:55? 0次阅读
                  如何采用神经网络技术,对镍铬-镍硅热电偶进行了非线性校正?

                  CMSIS-NN神经网络内核可以让微控制器效率提升5倍是真的吗?

                  全新CMSIS-NN神经网络内核让微控制器效率提升5倍...
                  发表于 2021-03-15 06:55? 101次阅读
                  CMSIS-NN神经网络内核可以让微控制器效率提升5倍是真的吗?

                  什么是LSTM神经网络

                  简单理解LSTM神经网络
                  发表于 2021-01-28 07:16? 101次阅读
                  什么是LSTM神经网络

                  权值衰减和L2正则化是一个东西吗?

                  权值衰减和L2正则化,到底是不是同一个东西,这篇文章给你答案。 ...
                  发表于 2021-01-25 06:14? 101次阅读
                  权值衰减和L2正则化是一个东西吗?

                  针对Arm嵌入式设备优化的神经网络推理引擎

                  专门针对Arm嵌入式设备优化的神经网络推理引擎 Tengine + HCL,不同人群的量身定制 ...
                  发表于 2021-01-15 08:00? 101次阅读
                  针对Arm嵌入式设备优化的神经网络推理引擎

                  基于深度神经网络的激光雷达物体识别系统及其嵌入式平台部署

                  基于深度神经网络的激光雷达物体识别系统及其嵌入式平台部署...
                  发表于 2021-01-04 06:26? 101次阅读
                  基于深度神经网络的激光雷达物体识别系统及其嵌入式平台部署

                  卷积神经网络的层级结构和常用框架

                    卷积神经网络的层级结构   卷积神经网络的常用框架 ...
                  发表于 2020-12-29 06:16? 101次阅读
                  卷积神经网络的层级结构和常用框架

                  【新技术发布】基于深度神经网络的激光雷达物体识别系统及其嵌入式平台部署

                          激光雷达可以准确地完成三维空间的测量,具有抗干扰能力强、信息丰富等优点,...
                  发表于 2020-12-01 12:13? 1515次阅读
                  【新技术发布】基于深度神经网络的激光雷达物体识别系统及其嵌入式平台部署
                  欧美美女的白虎